El área protegida ha sido sometida a la explotación del bosque de manglar para producción de leña. Los volúmenes de corta de arboles —en la década de los 80— en Las Peñitas llegaban hasta 236 árboles por hectárea (Ammour et al., 1999). Este ritmo de explotación causó serios daños en el ecosistema, tanto en cobertura como calidad de los servicios del ecosistema. De 1990 al 2000 se realizaron cada año campañas de reforestación, principalmente de las especies de Rhizophora spp. por su fragilidad e importancia en la productividad primaria. Estas actuaciones estuvieron centradas en las zonas afectadas por la deforestación.

Además de los factores antropogénicos, otra causa de disminución del bosque de manglar, fue la tormenta tropical Alma en 2008, causando la destrucción del 30-40% del bosque de Rhizophora spp. A partir de este evento se estableció un programa sistemático de reforestación para recuperar las zonas afectadas, en donde existió una participación activa de las comunidades locales y en especial de niños y jóvenes.

El mayor esfuerzo de reforestación se realizó a finales del 2008 con la siembra de 94,000 propágulos (semillas) de Rhizophora spp. Los lugares de reforestación correspondieron a las zonas más afectadas por la tormenta, donde la posibilidad de regeneración natural era limitada. A partir del 2010 se ha reducido el esfuerzo a valores medios de 6,000 propágulos, dirigidos a lugares más afectados por la deforestación.

Ecosistemas de Manglar

El bosque de Manglar es el más representativo de la RNIJV en cobertura, además de tener mayor importancia para las comunidades locales por su oferta de servicios. Es un ecosistema con alta productividad primaria, por tanto base de una compleja red trófica de consumidores. Sin embargo se caracterizan por presentar una baja diversidad florística en comparación con otro tipo de ecosistemas. No obstante en el área protegida existen siete especies de mangle —agrupándose en cuatro familias— de las ocho especies identificadas para Nicaragua.